Ríša: Fungi – huby*

oddelenie: Myxomycota – slizovky

1. trieda: ACRASIOMYCETES – bunkové slizovky, akrázie
2. trieda: HYDROMYXOMYCETES – vodné slizovky
3. trieda: MYXOMYCETES – pravé slizovky
   • podtrieda: Ceratiomyxomycetidae – roháčkovité
   • podtrieda: Myxogasteromycetidae – slizovkovité
   • podtrieda: Stemonitomyxomycetidae
4. trieda: PLASMODIOPHOROMYCETES – nádorovky

oddelenie: Eumycota – pravé huby

• pododdelenie: Mastigomycotina
  1. trieda: CHYTRIDIOMYCETES – bunkovky
     • rad: Chytridiales – bunkovkotvaré
       1. čeľaď: Olpidaceae – hrdlovcovité
       2. čeľaď: Synchytriaceae – rakovinovcovité
       3. čeľaď: Rhizidiaceae
       4. čeľaď: Cladochytriaceae
       5. čeľaď: Chytridiaceae – bunkovkovité
     • rad: Blastocladiales – pakonárovcotvaré
       1. čeľaď: Blastocladiaceae – pakonárovcovité
     • rad: Monoblepharidales – jednobrvkotvaré
  2. trieda: HYPHOCHYTRIDIOMYCETES – bunkovčeky
  3. trieda: OOMYCETES – riasovky
     • rad: Saprolegniales – hnilovkotvaré
     • rad: Leptomitrales – tenuškotvaré
     • rad: Lagenidiales – fľaškovkotvaré
     • rad: Peronosporales – peronospórotvaré
       1. čeľaď: Pythiaceae – hnilobníkovité
       2. čeľaď: Peronosporaceae – peronospórovité
       3. čeľaď: Albuginaceae – bieloplesňovité
• pododdelenie: Zygomycotina – plesne
  1. trieda: ZYGOMYCETES – pravé plesne
     • rad: Mucorales – plesňotvaré
       1. čeľaď: Mucoraceae – plesňovité
       2. čeľaď: Thamnidiaceae
       3. čeľaď: Cunnighamellaceae
       4. čeľaď: Pilobolaceae – mršťovcovité
       5. čeľaď: Endogonaceae
     • rad: Entomophtorales – hmyzomorkotvaré
  2. trieda: TRICHOMYCETES
• pododdelenie: Ascomycotina – vreckaté huby, askomycéty
  1. trieda: HEMIASCOMYCETES
     • rad: Endomycetales – endomycétotvaré
       1. čeľaď: Endomycetaceae – endomycétovité
       2. čeľaď: Saccharomycetaceae – kvasinkovité
     • rad: Taphrinales – grmanníkotvaré
       1. čeľaď: Taphrinaceae – grmanníkovité
  2. trieda: PLECTOMYCETES
     • rad: Eurotiales – paplesňotvaré
       1. čeľaď: Gymnoascaceae – nahovreckovité
       2. čeľaď: Eurotiaceae – paplesňovité
     • rad: Erysiphales – múčnatkotvaré
  3. trieda: DISCOMYCETES
     • rad: Pezizales – čiaškotvaré
     • rad: Helotiales – čiašočkotvaré
       1. čeľaď: Helotiaceae – čiašočkovité
       2. čeľaď: Hyaloscyphaceae – krásavičkovité
       3. čeľaď: Sclerotiniaceae – hľúznatkovité
     • rad: Phacidiales – šošovičkovcotvaré
     • rad: Tuberales – hľuzovkotvaré
  4. trieda: PYRENOMYCETES
     • rad: Sphaeriales – sfériotvaré
       1. čeľaď: Ophiostomaceae – farbiarkovité
       2. čeľaď: Sordariaceae – sordáňovité
       3. čeľaď: Melanosporaceae – tmavkovité
       4. čeľaď: Xylariaceae – drevnatcovité
       5. čeľaď: Hypocreaceae – ponorencovité
     • rad: Clavicipitales – kyjaničkotvaré
       1. čeľaď: Clavicipitaceae – kyjaničkovité
  5. trieda: LOCULOASCOMYCETES – dutinovky
     • rad: Dothideales – vredovcotvaré
       • podrad: Dothideineae
       • podrad: Pseudosphaerineae
• pododdelenie: Basidiomycotina – bazídiové huby, bazídiomycéty
  1. trieda: HYMENOMYCETES – rúchovky

     podtrieda: Holobasidiomycetidae – celistvookrajové huby, holobazídiomycéty

     • rad: Aphyllophorales – rozličkotvaré
       1. čeľaď: Stereaceae – pevníkovité
       2. čeľaď: Telephoraceae – plesňovkovité
       3. čeľaď: Clavariaceae – kyjačikovité
       4. čeľaď: Cantharellaceae – kuriatkovité
       5. čeľaď: Polyporaceae – trúdnikovité
       6. čeľaď: Schizophyllaceae – klanolupeňovkovité
       7. čeľaď: Pleurotaceae – hlivovité
     • rad: Agaricales – pečiarkotvaré
       1. čeľaď: Tricholomataceae – čírovkovité
       2. čeľaď: Amanitaceae – muchotrávkovité
       3. čeľaď: Agaricaceae – pečiarkovité
       4. čeľaď: Coprinaceae – hnojníkovité
       5. čeľaď: Strophariaceae – golierikovité
       6. čeľaď: Cortinariaceae – pavučinovcovité
       7. čeľaď: Entolomataceae – hodvábnicovité
       8. čeľaď: Russulaceae – plávkovité
       9. čeľaď: Boletaceae – hríbovité
     • rad: Dacrymycetales – slzovcotvaré

     podtrieda: Phragmobasidiomycetidae – delenobazídiové huby, fragmobazídiomycéty

     • rad: Tremellales – rôsolovkotvaré
     • rad: Auriculariales – uchovkotvaré
  2. trieda: GASTEROMYCETES – bruchatky
     • rad: Sclerodermatales – pestrecotvaré
     • rad: Lycoperdales – prášnicotvaré
     • rad: Nidulariales – hniezdovcotvaré
     • rad: Phallales – hadovkotvaré
  3. trieda: TELIOMYCETES
     • rad: Ustilaginales – sneťotvaré
       1. čeľaď: Ustilaginaceae – sneťovité, prašné sneti
       2. čeľaď: Tilletiaceae – mazľavkovité, mazľavé sneti
     • rad: Uredinales – hrdzotvaré, hrdze
• pododdelenie: Deuteromycotina – nedokonalé známe huby, Fungi imperfecti
  1. trieda: COELOMYCETES
     • rad: Sphaeropsidales – pyknídovkotvaré
     • rad: Melanconiales – čiernospórkovcotvaré
  2. trieda: HYPHOMYCETES

* pozn.: V niektorých systémoch sa huby zaraďujú medzi rastliny ako oddelenie nižších rastlín