Ríša: Fungi – huby*
oddelenie: Myxomycota – slizovky
- trieda: ACRASIOMYCETES – bunkové slizovky, akrázie
- trieda: HYDROMYXOMYCETES – vodné slizovky
- trieda: MYXOMYCETES – pravé slizovky
- podtrieda: Ceratiomyxomycetidae – roháčkovité
- podtrieda: Myxogasteromycetidae – slizovkovité
- podtrieda: Stemonitomyxomycetidae
- trieda: PLASMODIOPHOROMYCETES – nádorovky
oddelenie: Eumycota – pravé huby
- pododdelenie: Mastigomycotina
- trieda: CHYTRIDIOMYCETES – bunkovky
- rad: Chytridiales – bunkovkotvaré
- čeľaď: Olpidaceae – hrdlovcovité
- čeľaď: Synchytriaceae – rakovinovcovité
- čeľaď: Rhizidiaceae
- čeľaď: Cladochytriaceae
- čeľaď: Chytridiaceae – bunkovkovité
- rad: Blastocladiales – pakonárovcotvaré
- čeľaď: Blastocladiaceae – pakonárovcovité
- rad: Monoblepharidales – jednobrvkotvaré
- rad: Chytridiales – bunkovkotvaré
- trieda: HYPHOCHYTRIDIOMYCETES – bunkovčeky
- trieda: OOMYCETES – riasovky
- rad: Saprolegniales – hnilovkotvaré
- rad: Leptomitrales – tenuškotvaré
- rad: Lagenidiales – fľaškovkotvaré
- rad: Peronosporales – peronospórotvaré
- čeľaď: Pythiaceae – hnilobníkovité
- čeľaď: Peronosporaceae – peronospórovité
- čeľaď: Albuginaceae – bieloplesňovité
- trieda: CHYTRIDIOMYCETES – bunkovky
- pododdelenie: Zygomycotina – plesne
- trieda: ZYGOMYCETES – pravé plesne
- rad: Mucorales – plesňotvaré
- čeľaď: Mucoraceae – plesňovité
- čeľaď: Thamnidiaceae
- čeľaď: Cunnighamellaceae
- čeľaď: Pilobolaceae – mršťovcovité
- čeľaď: Endogonaceae
- rad: Entomophtorales – hmyzomorkotvaré
- rad: Mucorales – plesňotvaré
- trieda: TRICHOMYCETES
- trieda: ZYGOMYCETES – pravé plesne
- pododdelenie: Ascomycotina – vreckaté huby, askomycéty
- trieda: HEMIASCOMYCETES
- rad: Endomycetales – endomycétotvaré
- čeľaď: Endomycetaceae – endomycétovité
- čeľaď: Saccharomycetaceae – kvasinkovité
- rad: Taphrinales – grmanníkotvaré
- čeľaď: Taphrinaceae – grmanníkovité
- rad: Endomycetales – endomycétotvaré
- trieda: PLECTOMYCETES
- rad: Eurotiales – paplesňotvaré
- čeľaď: Gymnoascaceae – nahovreckovité
- čeľaď: Eurotiaceae – paplesňovité
- rad: Erysiphales – múčnatkotvaré
- rad: Eurotiales – paplesňotvaré
- trieda: DISCOMYCETES
- rad: Pezizales – čiaškotvaré
- rad: Helotiales – čiašočkotvaré
- čeľaď: Helotiaceae – čiašočkovité
- čeľaď: Hyaloscyphaceae – krásavičkovité
- čeľaď: Sclerotiniaceae – hľúznatkovité
- rad: Phacidiales – šošovičkovcotvaré
- rad: Tuberales – hľuzovkotvaré
- trieda: PYRENOMYCETES
- rad: Sphaeriales – sfériotvaré
- čeľaď: Ophiostomaceae – farbiarkovité
- čeľaď: Sordariaceae – sordáňovité
- čeľaď: Melanosporaceae – tmavkovité
- čeľaď: Xylariaceae – drevnatcovité
- čeľaď: Hypocreaceae – ponorencovité
- rad: Clavicipitales – kyjaničkotvaré
- čeľaď: Clavicipitaceae – kyjaničkovité
- rad: Sphaeriales – sfériotvaré
- trieda: LOCULOASCOMYCETES – dutinovky
- rad: Dothideales – vredovcotvaré
- podrad: Dothideineae
- podrad: Pseudosphaerineae
- rad: Dothideales – vredovcotvaré
- trieda: HEMIASCOMYCETES
- pododdelenie: Basidiomycotina – bazídiové huby, bazídiomycéty
- trieda: HYMENOMYCETES – rúchovky
podtrieda: Holobasidiomycetidae – celistvookrajové huby, holobazídiomycéty
- rad: Aphyllophorales – rozličkotvaré
- čeľaď: Stereaceae – pevníkovité
- čeľaď: Telephoraceae – plesňovkovité
- čeľaď: Clavariaceae – kyjačikovité
- čeľaď: Cantharellaceae – kuriatkovité
- čeľaď: Polyporaceae – trúdnikovité
- čeľaď: Schizophyllaceae – klanolupeňovkovité
- čeľaď: Pleurotaceae – hlivovité
- rad: Agaricales – pečiarkotvaré
- čeľaď: Tricholomataceae – čírovkovité
- čeľaď: Amanitaceae – muchotrávkovité
- čeľaď: Agaricaceae – pečiarkovité
- čeľaď: Coprinaceae – hnojníkovité
- čeľaď: Strophariaceae – golierikovité
- čeľaď: Cortinariaceae – pavučinovcovité
- čeľaď: Entolomataceae – hodvábnicovité
- čeľaď: Russulaceae – plávkovité
- čeľaď: Boletaceae – hríbovité
- rad: Dacrymycetales – slzovcotvaré
podtrieda: Phragmobasidiomycetidae – delenobazídiové huby, fragmobazídiomycéty
- rad: Tremellales – rôsolovkotvaré
- rad: Auriculariales – uchovkotvaré
- rad: Aphyllophorales – rozličkotvaré
- trieda: GASTEROMYCETES – bruchatky
- rad: Sclerodermatales – pestrecotvaré
- rad: Lycoperdales – prášnicotvaré
- rad: Nidulariales – hniezdovcotvaré
- rad: Phallales – hadovkotvaré
- trieda: TELIOMYCETES
- rad: Ustilaginales – sneťotvaré
- čeľaď: Ustilaginaceae – sneťovité, prašné sneti
- čeľaď: Tilletiaceae – mazľavkovité, mazľavé sneti
- rad: Uredinales – hrdzotvaré, hrdze
- rad: Ustilaginales – sneťotvaré
- trieda: HYMENOMYCETES – rúchovky
- pododdelenie: Deuteromycotina – nedokonalé známe huby, Fungi imperfecti
- trieda: COELOMYCETES
- rad: Sphaeropsidales – pyknídovkotvaré
- rad: Melanconiales – čiernospórkovcotvaré
- trieda: HYPHOMYCETES
- trieda: COELOMYCETES
* pozn.: V niektorých systémoch sa huby zaraďujú medzi rastliny ako oddelenie nižších rastlín