1. kmeň: Sarcomastigophora – meňavkobičíkovce
   • podkmeň: Mastigophora – bičíkovce
     • trieda: PHYTOMASTIGOPHOREA – rastlinobičíkovce
       • rad: Chrysomonadida
       • rad: Silicoflagellida
       • rad: Coccolitophorida
       • rad: Heterochlorida
       • rad: Cryptomonadida
       • rad: Dinoflagellida
       • rad: Ebriida
       • rad: Euglenida
       • rad: Chloromonadida
       • rad: Volvocida
       • rad: Prasinomonadida
     • trieda: ZOOMASTIGOPHOREA – živočíchobičíkovce (Prvoky)
       • rad: Choanoflagellida – golierikovkotvaré
       • rad: Bicosoecida – chobotnavkotvaré
       • rad: Kinetoplastida – bázobičíkovkotvaré
         • podrad: Bodonina – bodonidy
         • podrad: Trypanosomanina – trypanozómy
       • rad: Proteromonadida – proteromonádotvaré
       • rad: Retortamonadida – retortamonádotvaré
       • rad: Diplomonadida – diplomonádotvaré
       • rad: Oxymonadida – oxymonádotvaré
       • rad: Parabasalia – mnohobičíkovkotvaré
         • podrad: Trichomonadida – trichomonády
         • podrad: Hypermastigida – mnohobičíkovky
   • podkmeň: Opalinata – opaliny
   • podkmeň: Sarcodina – koreňonožce
     • nadtrieda: RHIZOPODA – meňavkovce
       • trieda: HETEROLOBOSEA – slzovičkovce
         • rad: Schizopyrenida – slzovičkotvaré
         • rad: Acrasida – akráziotvaré
       • trieda: LOBOSEA – lobopodiovce
         • rad: Amoebida – meňavkotvaré
         • rad: Leptomyxida – korienkotvaré
         • rad: Acanthopodida – akantopodotvaré
         • rad: Loboreticulatida – sieťovníčkotvaré
         • rad: Testaceolobosida – loboschránkotvaré
       • trieda: CARYOBLASTEA – pelomyxovce
         • rad: Pelobiontida – pelomyxotvaré
       • trieda: EUMYCETOZOEA – slizovkovce
       • trieda: PLAZMODIOPHOREA – nádorovce
       • trieda: FILOSEA – vláknonožce
         • rad: Aconchulinida
         • rad: Gromiida (Testaceofilosia)
       • trieda: GRANULORETICULOSEA – granulovce
         • rad: Athalamida – meňavkovkotvaré
         • rad: Promycetozoida – plazmodiovkotvaré
         • rad: Monothalamida – jednokomôrkotvaré
         • rad: Foraminiferida – dierkavce
       • trieda: XENOPHYOPHOREA – plazmodiovce
     • nadtrieda: ACTINOPODA – nitkonožce
       • trieda: RADIOLARIA – mrežovce
         • rad: Porulosida
         • rad: Oculosida
       • trieda: ACANTHARIA – akantárie
       • trieda: HELIOZOEA – slncovky
         • rad: Actinophryida
         • rad: Centrohelida
         • rad: Desmothoracida
2. kmeň: Labyrinthomorpha – labyrintky
3. kmeň: Apicomplexa (Sporozoa) – výtrusovce
   • trieda: GREGARINA – gregaríny
     • rad: Archigregarinida – archigregaríny
     • rad: Eugregarinida – eugregaríny
     • rad: Neogregarinida – neogregaríny
   • trieda: COCCIDIA – kokcídie
     • rad: Procococcidida – prvokokcídie
     • rad: Eucoccidida – pravé kokcídie
     • rad: Piroplasmida – piroplazmy
   • trieda: HEMATOZOEA – krvinovky
   • trieda: PERKINSUSOEA – perkinsovky
4. kmeň: Microspora – mikrospórovce
   • trieda: MICROSPORIDEA – mikrospóry
5. kmeň: Ascetospora – ascetospóry
   • trieda: HAPLOSPOREA – haplospóry
   • trieda: PARAMYXEA – paramyxy
6. kmeň: Hemimastigophora – bičíkobrvce
7. kmeň: Pseudociliatea (Primociliatea) – panálevníky
8. kmeň: Ciliophora – nálevníky, riasničkavce
   • trieda: KARYORELICTEA – karyorelikty
   • trieda: SPIROTRICHEA – špirálobrvce
     • podtrieda: Heterotrichia – heterotrichy
     • podtrieda: Oligotrichia – oligotrichy
     • podtrieda: Stichotrichia – stichotrichy
     • podtrieda: Hypotrichia – hypotrichy
   • trieda: LITOSTOMEA – litostómy
     • podtrieda: Haptoria – chobotovky
     • podtrieda: Trichostomata – vakovky
   • trieda: PROTOSTOMEA – predoústočkovce
   • trieda: PHYLLOPHARYNGEA – ústočkošvovce
     • podtrieda: Phyllopharyngia – švovoústočky
     • podtrieda: Chonotrichia – golierikovky
     • podtrieda: Suctoria – cicavky
   • trieda: NASSOPHOREA – črievičkovce
   • trieda: OLIGOHYMENOPHOREA – máloblanovce
     • podtrieda: Hymenostomatida – blanoústočkovky
     • podtrieda: Peritrichia – kruhobrvce
     • podtrieda: Astomatia – bezústočkovky
     • podtrieda: Apostomatia – skrytoústky
   • trieda: COLPODEA – kolpódovce

* V niektorých systémoch je možné sa stretnúť s členením ríše Živočíchy na dve podríše: podríša: Jednobunkové (Monocytozoa) a podríša Mnohobunkové (Polycytozoa)
Učebnica 3 pre gymnáziá používa rozdelenie na 5 ríš a teda aj samostatnú ríšu jednobunkovce.